در واکنش به بحران شدید کرونا در ایران، آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، روز چهارشنبه در یک پیام تصویری خواستار تامین گسترده واکسن «به هر شکل ممکن» شده، اما نه با برگزاری مراسم محرم مخالفت کرد و نه به تعطیلی گسترده توصیه کرد.
به ادعای آیت‌الله خامنه‌ای، با تولید واکسن در داخل، مسیر واردات خارجی آن نیز هموار شد، «در حالی که تا قبل از آن با وجود پرداخت بهای واکسن، فروشندگان خارجی بدعهدی می‌کردند».
پیام آیت‌الله خامنه‌ای در حالی روز چهارشنبه، ۲۰ مردادماه، از صدا و سیمای جمهوری اسلامی پخش شد که او خود در دی‌ماه ۹۹ ورود واکسن آمریکایی و بریتانیایی کرونا به ایران «ممنوع» را اعلام کرده و گفته بود که نباید ساخت واکسن در داخل کشور «مورد انکار» قرار بگیرد.
با این حال او روز چهارشنبه هیچ اشاره‌ای به نقش خود در عدم واردات واکسن کرونا نکرد و توضیح نداد که آیا اکنون ورود واکسن‌های آمریکایی و بریتانیایی به کشور جایز است یا خیر.
مسئولان و رسانه‌های حکومتی می‌گویند که ایران در حال کار روی چند واکسن کرونا است. با این حال تاکنون فقط واکسن «کوو ایران برکت» محصول «ستاد اجرایی فرمان امام» به مرحله استفاده عمومی رسیده است، اگرچه تولید آن هنوز گسترده نیست و کارایی آن نیز توسط متخصصان مستقل تایید نشده است.
پیش از این برخی از ایرانیان برای تزریق واکسن ضد کرونا به ارمنستان می‌رفتند، اما استقبال ایرانیان از واکسیناسیون در ارمنستان به حدی زیاد شد که ارمنستان برای دریافت واکسن این مسافران شرط اقامت ده روزه در آن کشور را مطرح کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در بخش دیگری از پیام تصویری خود تصمیم‌گیری در خصوص تعطیلی را «مسئله‌ای تخصصی و نیازمند بررسی در ستاد ملی کرونا» خوانده و گفت که مسئولان «به هر نتیجه‌ای رسیدند بدون ملاحظه و قاطع به آن عمل کنند».
درخواست تعطیلی دو هفته‌ای ابتدا توسط سعید نمکی، وزیر بهداشت، در نامه‌ای خطاب به رهبر جمهوری اسلامی مطرح شد و نامه او برای بررسی به ستاد کرونا ارسال شد، ولی قرارگاه کرونا که زیر نظر وزارت کشور فعالیت می‌کند، با این درخواست مخالفت کرد.
همزمان مقامات مذهبی و هم مقامات رسمی همچنان بر برگزاری عزاداری ویژه محرم اصرار دارند و صرفاً بر رعایت پروتکل‌های بهداشتی در این‌گونه مراسم تأکید می‌کنند.
آیت‌الله خامنه‌ای هم برگزارکنندگان جلسات و شرکت‌کنندگان در مراسم عزاداری محرم را به رعایت ضوابط و فاصله‌ها توصیه کرده و خطاب به آنها گفت: «نگذارید مجالس حسینی موجب شیوع بیماری و مایه طعنه مخالفان و دشمنان شود.»
او گفت: «ملت و کشور به این مجالس با برکت احتیاج دارد، اما در برگزاری آنها باید شیوه‌نامه‌ها با کمال دقت و شدت مراعات شود.»
این در حالی است که تجربه دیگر کشورها و کارشناسان بهداشت خارجی و ایرانی نشان می‌دهد که پرهیز از هرگونه تجمع اعم از مذهبی و غیرمذهبی نقش مؤثری در کنترل نسبی شیوع ویروس کرونا دارد.
اخیرا محمد قمی، رئیس سازمان تبلیغات اسلامی گفت که «امسال اجازه تعطیلی هیچ هیئتی را نخواهیم داد» و با تعطیلی روضه‌های خانگی نیز مخالفت خواهیم کرد.
پیش از این در بهمن‌ماه پارسال، علیرضا رئیسی، سخنگوی ستاد ملی مقابله با کرونا در ایران از نحوه برگزاری برخی مراسم‌های مذهبی مانند نماز جمعه در قم بدون رعایت پروتکل‌های بهداشتی انتقاد کرد، اما با واکنش تند روحانیون و نهادهای مذهبی این شهر روبه‌رو شده و مجبور به عذرخواهی شد.
وزارت بهداشت ایران می‌گوید تاکنون بیش از ۹۳ هزار نفر قربانی کرونا شده‌اند، ولی آمارهای رسمی وزارت بهداشت درباره کرونا همواره محل تردید بوده و سازمان نظام پزشکی ایران تعداد واقعی قربانیان کرونا را ۳ تا ۴ برابر آمار رسمی وزارت بهداشت برآورد کرده است.