در پی انتشار خبر حذف ۲۷ دانشگاه ایران از فهرست دانشگاه‌های مورد قبول عراق برای بورسیه تحصیلی، هاشم داداش‌پور، معاون وزیر علوم و رئیس سازمان امور دانشجویان، با تایید این خبر گفت عراق از نظام رتبه‌بندی کشورهای اسلامی (ISC) که «بر اساس معیارها و اقتضائات جهان اسلام طراحی شده» غفلت کرده است.
آقای داداش‌پور روز شنبه، ۱۸ تیر، در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر گفت: «امسال کشور عراق شرایط سخت‌گیرانه‌ای در نظام ارزشیابی خود اتخاذ کرده است.»
او با اشاره به این که «آی‌اس‌سی تنها نظام رتبه‌بندی کشورهای اسلامی است» گفت این موضوع «می‌تواند در مذاکرات آینده ایران و عراق مورد بحث قرار گیرد تا تعداد بیشتری از دانشگاه‌های جهان اسلام در نظام ارزشیابی دولت عراق قرار بگیرند».
وزارت آموزش عالی و تحقیقات علمی عراق به تازگی تعدادی از دانشگاه‌های کشورهای مختلف از جمله لبنان، اردن، بلاروس و ایران را از فهرست دانشگاه‌هایی که برای بورسیه تحصیلی در سال آینده تحصیلی به رسمیت می‌شناسد خارج کرد.
در سندی که به امضای رئیس اداره ماموریت‌ها و روابط فرهنگی وزارت آموزش عالی عراق رسیده، ارزشیابی جدید این وزارتخانه از دانشگاه‌های جهان، بر اساس فهرست رتبه‌بندی تایمز بریتانیا، دانشگاه شانگهای چین و کیو اس صورت گرفته است.
بر اساس اعلام این اداره، ۲۷ دانشگاه ایران از جمله آزاد اسلامی، قم، امام رضا، الزهرا، امام خمینی، جامعه المصطفی و دانشگاه ادیان و مذاهب از فهرست دانشگاه‌های مورد قبول وزارت آموزش عالی عراق حذف شده است.
تعدادی از دانشگاه‌های حذف شده ایران، پس از انقلاب و برای ترویج ایدئولوژی اسلامی با گرایش شیعی تاسیس شده‌اند.
پیشتر رسول جعفریان، عضو پیوسته فرهنگستان علوم جمهوری اسلامی ایران، در توییتی در این باره نوشت: «طبیعی است که [مقام‌های عراق] برخی از دانشگاه‌های ایران را نیز که رعایت شوون آموزشی را نمی‌کنند کنار بگذارند. مسوولیت اینکار با کیست؟ حرمت امامزاده دست متولی است.»
همچنین روزنامه جمهوری اسلامی در شماره روز شنبه، ۱۸ تیر، خبر حذف دانشگاه‌های ایران از فهرست دانشگاه‌های مورد قبول عراق را یک «خبر عجیب» توصیف کرده و خواستار واکنش مسئولان جمهوری اسلامی شده است.
به گفته معاون وزیر علوم ایران، عراق فقط ۱۴ دانشگاه ایران را برای دانشجویان بورسیه تایید کرده و علاوه بر آن «۱۹ دانشگاه ایرانی دیگر نیز مجوز پذیرش دانشجوی شهریه‌پرداز را دارا خواهند بود».
به گفته آقای داداش‌پور، در حال حاضر بیش از پنجاه و شش هزار دانشجوی عراقی در دانشگاه‌های ایران تحصیل می‌کنند که در آن سهم دانشگاه‌های آزاد و دانشگاه‌های غیرانتفاعی بیش از ۷۴ درصد است و ۲۶ درصد دانشجویان عراقی در ایران در دانشگاه‌های تحت پوشش وزارت علوم و وزارت بهداشت تحصیل می‌کنند.
در سال‌های اخیر اخبار و گزارش‌های متعددی از کاهش کیفیت آموزشی در دانشگاه‌های ایران و همچنین مهاجرت دانشجویان نخبه از کشور منتشر شده است.
دی‌ماه سال گذشته، یک مقام وزارت علوم ایران از قطع دسترسی برخی از دانشگاه‌های کشور به پایگاه‌های علمی دنیا به دلیل «بدهی دانشگاه‌ها» به این پایگاه‌ها در سال‌های اخیر خبر داد.
همچنین در سال ۱۳۸۹، خبرگزاری مهر گزارش داد که تنها یک دانشگاه از ايران و آن هم دانشگاه تهران در فهرست ۵۰۰ دانشگاه معتبر جهان قرار دارد.
علاوه بر «انقلاب فرهنگی» در سال‌های ابتدایی پس از انقلاب سال ۵۷، رهبر جمهوری اسلامی در دهه‌های گذشته بارها خواستار اسلامی شدن دانشگاه‌های ایران شده است.