در دو دهۀ گذشته برنامۀ هسته‌ای و در کنار آن برنامۀ موشکی ایران بارها هدفِ عملیاتِ خرابکارانه قرار گرفته است. بیشتر آن خرابکاری‌ها را کارشناسان و بعضی از رسانه‌های بین‌المللی به اسرائیل نسبت داده‌اند. اما دولت اسرائیل هرگز مسئولیتِ آن‌ها را به عهده نگرفته است. تنها عملیاتی که اسرائیل مسئولیت آن را به عهده گرفته، سرقت «اسناد برنامۀ هسته‌ای ایران» در۳۱ ژانویه ۲۰۱۸ از مرکزی در تهران بود. با توجه به اینکه اسرائیل مخالف سرسختِ برنامۀ هسته‌ای ایران است و آن را تهدیدی برای بقای خود می‌داند، افکار عمومی و بسیاری از کارشناسان بیشتر عملیات خرابکارانه برضد برنامۀ هسته‌ای ایران را به اسرائیل نسبت می‌دهند.
اختلال در شبکۀ برق‌رسانیِ تأسیساتِ غنی سازیِ نطنز در بامداد روز یکشنبه ۲۲ فروردین برابر با ۱۱ آوریل ۲۰۲۱ طرحی حساب شده و، به عبارتی، خرابکاریِ برنامه ریزی شده بود. این خرابکاری درست یک روز پس از افتتاح رسمیِ «مرکز مونتاژ سانتریفیوژهای پیشرفتۀ نطنز» صورت گرفت. این مرکز در ۱۲ تیرماه ۱۳۹۹ کمی بیش از ۹ ماه پیش بر اثر انفجار به کل آسیب دیده بود. یک روز پس آن انفجار، روزنامۀ نیویورک تایمز در گزارشی به نقل از یک مقام امنیتیِ خاور میانه اعلام کرد که انفجار نتیجۀ «عملیات خرابکارانه» و به احتمال زیاد کار اسرائیل بوده است. البته روزنامه‌های اسرائیلی در آن زمان به نقل از سرویس‌های اطلاعاتی آن کشور مداخلۀ اسرائیل را در آن عملیات انکار کردند.
در دو دهۀ گذشته برنامۀ هسته‌ای و در کنار آن برنامۀ موشکی ایران بارها هدفِ عملیاتِ خرابکارانه قرار گرفته است. بیشتر آن خرابکاری‌ها را کارشناسان و بعضی از رسانه‌های بین‌المللی به اسرائیل نسبت داده‌اند. اما دولت اسرائیل هرگز مسئولیتِ آن‌ها را به عهده نگرفته است. با توجه به اینکه بسیاری از آن عملیات‌ها به سبب دشواری و پیچیدگی نیازمند برنامه‌ریزیِ دقیق و درازمدت، تدارک و آماده سازی صبورانه و نیز برخورداری از امکانِ گستردۀ مالی و انسانی بوده است، کارشناسان بر این باورند که بدون حمایتِ یک دولت نیرومند هیچ‌یک از آن‌ها نمی‌توانست به نتیجه برسد.
دولت‌ها برای حفاظت از تأسیسات هسته‌ای‌شان معمولاً از هیچ کوششی فروگذار نمی‌کنند و تا جایی که در توان دارند بر ظرفیت‌های، دفاعی، امنیتی، فنی و ضدجاسوسی خود می‌افزایند. بنابراین، ضربه زدن به آن تأسیسات جدا از امکان مالی نیازمند شبکۀ پیچیده‌ای از جاسوسان، مأموران امنیتی، تکاوران و گروه‌های ضربت است و تنها دولت‌های نیرومند می‌توانند از چنین توانایی‌هایی برخوردار باشند. با توجه به اینکه اسرائیل مخالف سرسختِ برنامۀ هسته‌ای ایران است و آن را تهدیدی برای بقای خود می‌داند، افکار عمومی و بسیاری از کارشناسان بیشتر آن خرابکاری‌ها را تاکنون به اسرائیل نسبت داده‌اند.
در دو دهۀ گذشته عملیات‌های خرابکارانه برضد برنامۀ هسته‌ای ایران دربرگیرندۀ ترور بعضی از دانشمندان و مسئولان اتمی ایران نیز بوده است. ترور محسن فخری‌زاده، رئیس «سازمان پژوهش و نوآوریِ وزارت دفاع ایران» در هفتم آذر ۱۳۹۹ در دماوند، آخرین ترور از این دست ترورها بود که بیشتر کارشناسان آن را به اسرائیل نسبت دادند.
نخستین عملیات خرابکارانه برضد برنامۀ هسته‌ای ایران که به اسرائیل نسبت داده شد، عملیات پارچین در ۱۳۸۶ بود. مجمتع نظامی پارچین در جنوب شرق تهران را کشورهای غربی محل آزمایش‌های هسته‌ای ایران می‌دانستند. دولت ایران چنین ادعایی را رد کرده، اما اجازۀ بازرسیِ این مجمتع را نیز نداده است. در ۲۲ آبان ۱۳۸۶ برابر با ۱۳ نوامبر ۲۰۰۷ انفجار بزرگی در یکی از انبارهای آن روی داد که به روستای «حمامک» نیز آسیب رساند. در آن انفجار چهار نفر زخمی شدند.
میان سال‌های ۱۳۸۸ و ۱۳۹۰ چهار تن از دانشمندانِ هسته‌ای ایران به نام‌های مجید شهریاری، مصطفی احمدی روشن، مسعود علیمحمدی و داریوش رضایی‌نژاد ترور شدند. دولت ایران اسرائیل را مسئول آن ترورها معرفی کرد. در ۱۳۸۹ همزمان با ترور مجید شهریاری، فریدون عباسی دوانی، رئیس پیشین سازمانِ انرژی اتمی، نیز هدف ترور نافرجام قرار گرفت. داریوش رضایی‌نژاد که از او نیز زیر عنوان دانشمند هسته‌ای یاد می‌کنند، در آن سال‌ها دانشجو بود. او در مرداد ۱۳۹۰ با شلیک گلوله در تهران کشته شد.
در سال ۱۳۹۱ سرویس‌های امنیتی و مسئولانِ قضایی کشور اعلام کردند که عاملان آن ترورها را که همه وابسته به اسرائیل بودند دستگیر کرده‌اند. صدا و سیما نیز اعترافات ۱۲ متهم آن پرونده را زیر عنوانِ «کلوب ترور» پخش کرد که سپس معلوم شد اعترافات را زیر فشار از آنان گرفته‌اند. روُنِن برگمن، روزنامه‌نگار اسرائیلی در امور نظامی- امنیتی، اسرائیل را مسئول آن ترورها می‌داند.
در دو دهۀ گذشته، ترور دانشمندان هسته‌ای با حمله‌های سایبری به تأسیسات اتمیِ ایران همراه بوده است، آن حمله‌ها هربار آسیب‌های فلج کننده به برنامۀ هسته‌ای ایران زده است. گفته می‌شود نخستین حملۀ سایبری به تأسیسات اتمی ایران در سال ۱۳۸۹ زیر عنوانِ «عملیات بازی‌های اُلمپیک» با بدافزار «استاکس‌نِت» ساخت مشترک آژانس امنیت ملی ایالات متحد آمریکا و اسرائیل در دورۀ ریاست جمهوریِ باراک اوباما انجام گرفت. گویا هدف از آن حمله نه ویران کردن برنامۀ اتمی ایران بلکه ضربه زدن به آن به منظور به دست آوردن زمان بود برای آنکه کوشش‌های دیپلماتیک بتواند به نتیجه برسد.
در سال ۱۳۹۱ یکی از ژنرال‌های بازنشستۀ آمریکایی دست به افشای آن عملیات زد. البته مقام‌های ایرانی مدعی شدند که ویروس استاکس‌نِت نتوانسته بود به ساختارهای اتمی ایران آسیب برساند. با این حال، کارشناسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در همان زمان گزارش دادند که بعضی از سانتریفیوژهای تأسیسات اتمی نطنز آسیب دیده‌اند و برنامۀ غنی‌سازی اورانیوم ایران مختل شده است.
در ۲۱ آبان ۱۳۹۰ در انفجار انبار موشکیِ سپاه پاسداران در «مَلارْد»، نزدیک تهران، ۱۷ نفر از جمله حسن تهرانی مقدم، رئیس «سازمانِ جهاد خودکفاییِ سپاه پاسداران» که گویا بنیان‌گذارِ نیروی موشکی سپاه بود، کشته شدند. بر اثر آن انفجار شرق تهران چند لحظه غرق نور شد. مقام‌های ایرانی انفجار را تصادفی توصیف کردند، اما مجلۀ آمریکایی تایم به نقل از یک منبع امنیتیِ غربی موساد را مسئول آن انفجار دانست.
در ۱۳۹۵ یک رشته آتش‌سوزی در صنایع پتروشیمی ایران تلفات جانی و خسارت‌های مالی فراوان به جا گذاشت. خبرگزاری‌ها از ۱۵ واحد پتروشیمی نام بردند که در شش ماه اول آن سال دچار آتش‌سوزی شدند. بعضی از کارشناسان آتش سوزی‌ها را نتیجۀ حمله‌های سایبری دانستند. خبرگزاری فارس نیز از احتمال دخالتِ آمریکا و اسراییل در آن آتشسوزیها سخن گفت.
در ۱۳۹۷ همزمان با آغاز تحریم‌های تازۀ آمریکا زیرساخت‌هایِ ارتباطیِ ایران هدف حمله‌های سایبری قرار گرفت. معاون وزیر ارتباطات و رئیس هیئت مدیره شرکت ارتباطات آن حمله‌ها را کار اسرائیل دانست. وزیرِ ارتباطات نیز هدف آن حمله‌ها را آسیب رساندن به زیرساخت‌های ارتباطی کشور اعلام کرد.
از اوایل خرداد ۱۳۹۹ موج آتشسوزیها دوباره در تأسیسات پتروشیمیِ کشور آغاز شد. در تیرماه آن سال در یک مجتمعِ توسعۀ برنامۀ موشکی ایران در نزدیکی تهران انفجاری رخ داد که ساکنان شرق تهران با چند کیلومتر فاصله صدایِ مهیب آن را شنیدند و نور شدید آن را دیدند. وزارت دفاع آن را انفجار یک مخزن گاز در منطقۀ عمومی پارچین اعلام کرد.
در ۱۲ تیرماه ۱۳۹۹ کمی بیش از ۹ ماه پیش، انفجاری در تأسیسات هسته‌ای نطنز به یکی از ساختمان‌های مرکز مونتاژ سانتریفیوژها آسیب فراوان زد. انفجار را نیویورک تایمز، چنان که گفتیم، کار اسرائیل دانست. آن انفجار خسارت‌های مالی فراوان به بار آورد و سبب‌ساز کُند شدن برنامۀ هسته‌ای ایران شد. دو روز پس از آن انفجار ده‌ها تن در پتروشیمی ماهشهر بر اثر تراویدنِ کلُر مسموم شدند. در همان روز انفجار و آتش سوزی در نیروگاه حرارتی زرگانِ اهواز سبب‌سازِ خاموشی در مناطقی از شهر شد که چندین ساعت طول کشید.
ترور محسن فخری زاده را در هفتم آذر ماه ۱۳۹۹ مقام‌های نظامی و وزارت امور خارجۀ ایران کار اسرائیل دانستند. نیویورک تایمز نیز به نقل از سه مقام امنیتی اسرائیل را طراح اصلی آن ترور دانست. اما اسرائیل دخالت در ترور فخری زاده را نه تأیید کرد و نه تکذیب.
تنها عملیاتی که اسرائیل مسئولیت آن را تاکنون به عهده گرفته است، سرقت «اسناد برنامۀ هسته‌ای ایران» از مرکزی در تهران بود. برپایۀ گزارش سه روزنامۀ آمریکایی نیروهایِ موساد در شب ۳۱ ژانویه ۲۰۱۸ (۱۱ بهمن ۱۳۹۶) به انباری در منطقۀ شورآباد در حومۀ تهران وارد شدند و پس از شکافتن چندین گاوصندوق توانستند اسناد و سی‌دی‌های مربوط به برنامۀ هسته‌ای ایران را با خود ببرند.