هفته‌نامه فکاهی شارلی ابدو، چاپ پاریس، از رهبران مذهبی جهان به ویژه «سکوت عجیب پاپ فرانسیس» رهبر کاتولیک‌های جهان به دلیل محکوم نکردن حمله خونین به سلمان رشدی انتقاد کرد.
ریس، سردبیر شارلی ابدو و یکی از معدود بازماندگان حمله تروریستی مرگبار علیه این نشریه، در سرمقاله شماره روز چهارشنبه با عنوان «آیا هنوز چیزهایی در مذهب برای نجات دادن هست؟» نوشت: «ما شنیدیم که برخی از رهبران سیاسی ابراز خشم کردند، اما تعداد کمی [از محکوم کردن‌ها] از طرف مقام‌های مذهبی بود.»
در ژانویه ۲۰۱۵، دو فرد از طرفداران داعش به مجله فکاهی «شارلی ابدو» در پاریس حمله کردند و در مجموع ۱۷ نفر را به قتل رساندند.
این حمله واکنش‌های گسترده جهانی به دنبال داشت و سلمان رشدی نیز همبستگی خود را با شارلی ابدو اعلام کرد.
ریس افزود: «مقالات مطبوعات در ایران که به عامل این اقدام به قتل تبریک می‌گفتند، نباید این واقعیت را پنهان کند که تعداد کمی از رهبران مذهبی سنی‌مذهب و رهبران معنوی سایر مذاهب این حمله را محکوم کردند.»
همچنین در یک کاریکاتور که در شماره جدید شارلی ابدو به چاپ رسیده، از جمله از «سکوت عجیب پاپ فرانسیس» که روی ویلچر نشسته و از زانویش شکایت می‌کند، ابراز شگفتی شده است.
در این کاریکاتور، پاپ می‌گوید: «من هم با زانویم واقعا مشکل دارم.»
اما ریس در سرمقاله خود فقط از رهبران مذهبی انتقاد نمی‌کند.
او اضافه کرد: «در عین احترام به واقعیت دینی، که هیچ چیز برتری دادن آن را بر دیگر مظاهر روح انسانی توجیه نمی‌کند، جوامع ما، هر چند دموکراتیک، این تصور را به وجود می‌آورند که در برابر کوچک‌ترین مطالبه دارای ماهیت دینی تسلیم شده‌اند.»
در صفحه اول شماره روز چهارشنبه شارلی ابدو، کاریکاتوری از سلمان رشدی هندی‌الاصل چاپ شده که در آن، او در خیابان‌های نیویورک با زخم‌هایی که بر صورت و چشمانش دارد، مشغول راه رفتن است.
فلیکس، کاریکاتوریست این کاریکاتور نوشته: «سلمان رشدی بهتر است: او بالاخره به طور ناشناس راه می‌رود!»
شارلی ابدو همچنین از کسانی انتقاد کرده که در ابتدا، اعلام کردند انگیزه عامل حمله با چاقو به سلمان رشدی مشخص نیست.
پیشتر سردبیر شارلی ابدو در وب‌سایت این روزنامه به کنایه نوشته بود وقتی می‌گوییم انگیزه عامل حمله مشخص نیست، باید بپرسیم که «آیا او [رشدی] علیه گرم شدن زمین، علیه کاهش قدرت خرید مردم یا ممنوعیت آبیاری گلدان‌ها به دلیل موج گرما قیام کرده بود؟»
بیش از ۳۳ سال پیش، روح‌الله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی، حکم قتل سلمان رشدی را به اتهام «توهین» به اسلام و پیامبر اسلام در رمان «آیات شیطانی» صادر کرد.
جمهوری اسلامی همچنین در سال‌های اخیر بارها به نشریه شارلی ابدو به دلیل چاپ کاریکاتورهای پیامبر اسلام اعتراض کرده است.
در دی ۱۳۹۳ و انتشار این کاریکاتورها در شارلی ابدو، صد‌ها تن که خود را دانشجوی بسیجی می‌خواندند با تجمع مقابل سفارت فرانسه در تهران نسبت به آن چه «هتک حرمت پیامبر اسلام» عنوان کردند دست به اعتراض زدند و خواستار تعطیلی این سفارتخانه شدند.
برخی نشریات از جمله کیهان و هفته‌نامه «انصار حزب‌الله» از حمله به دفتر نشریه شارلی ابدو حمایت کردند.
همچنین از مجلس شورای اسلامی خواسته شد تا محمدجواد ظریف، وزیر خارجه وقت، به دلیل آن چه واکنش ضعیف او به قضیه شارلی ابدو خوانده شد، استیضاح شود.