در پی ابراز نگرانی شدید کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل از سرکوب معترضان در ایران، سخنگوی دبیرکل سازمان ملل و همچنین نهاد ویژه سازمان ملل در حوزه زنان خواستار رعایت حقوق معترضان شدند.
زنان سازمان ملل که در زمینه برابری جنسیتی و قدرت بخشیدن به زنان فعالیت می‌کند با انتشار بیانیه‌ای نوشت این نهاد «در کنار زنان ایران در مطالبات برحق‌شان برای اعتراض به بی‌عدالتی و برای آزادی در زمینه داشتن اختیار بدن‌شان از جمله انتخاب نوع پوشش خود می‌ایستد.»
این نهاد سازمان ملل همچنین از زنان ایرانی در زمینه حقوق اولیه انسانی‌شان در چارچوب منشور سازمان ملل متحد حمایت کرده است.
در بیانیه زنان سازمان ملل، از مقام‌های جمهوری اسلامی خواسته شد که از زنان ایرانی در بیان حقوق کامل انسانی‌شان حمایت کنند و محیطی امن و بدون ترس از خشونت، پیگرد قانونی یا آزار و اذیت را برای آنان فراهم کنند.
این نهاد ضمن تسلیت به خانواده مهسا امینی، با اشاره به بیانیه اخیر کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد، خواستار تحقیق مستقل، فوری و بی‌طرفانه در مورد مرگ خانم امینی و علنی کردن یافته‌های این تحقیقات و همچنین محاکمه همه عاملان مرگ او شد.
همزمان سخنگوی دبیرکل سازمان ملل متحد نیز با اشاره به دیدار اخیر آنتونیو گوترش با ابراهیم رئیسی در حاشیه برگزاری مجمع عمومی سازمان ملل متحد در نیویورک، اعلام کرد که گوترش در این دیدار بر لزوم احترام به حقوق بشر از جمله آزادی بیان و اجتماعات مسالمت‌آمیز تاکید کرد.
سخنگوی دبیرکل سازمان ملل متحد نوشت: «ما به طور فزاینده نگران گزارش‌های افزایش تلفات، از جمله زنان و کودکان، مربوط به اعتراض‌ها [در ایران] هستیم.»
او نیز ضمن هشدار به نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی برای پرهیز از تشدید تنش و استفاده از زور علیه معترضان، خواستار تحقیقات سریع، بی‌طرفانه و موثر درباره مرگ مهسا امینی شد.
پیشتر ابراهیم رئیسی در نیویورک مدعی شده بود که یک تحقیق در این زمینه در جریان است، اما فعالان مدنی و سازمان‌های حقوق بشری، با توجه به موارد مشابه پیشین، این ادعای جمهوری اسلامی را زیر سوال می‌برند.
روز سه‌شنبه راوینا شامداسانی، سخنگوی کمیساریای عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد که در ژنو مستقر است، اعلام کرد در روزهای اخیر هزاران نفر از مردم در سراسر ایران به اعتراضات ضد حکومتی پیوسته‌اند، اما نیروهای امنیتی در مواردی از گلوله‌های جنگی علیه معترضان استفاده کرده‌اند.
رسانه‌های حکومت جمهوری اسلامی روز دوم مهرماه تعداد کشته‌شدگان را ۴۱ نفر اعلام کردند، ولی نهادهای مدنی و گروه‌های حقوق بشری می‌گویند که شمار قربانیان بسیار بیشتر است، تعدادی از آن‌ها زن و کودک هستند و صدها نفر نیز مجروح شده‌اند.
بلافاصله پس از مرگ مهسا امینی در بازداشت گشت ارشاد، جاوید رحمان گزارشگر ویژه سازمان ملل اعلام کرد شورای حقوق بشر این سازمان باید با تصویب قطعنامه‌ای حجاب اجباری در ایران را محکوم کند.
سازمان عفو بین‌الملل نیز با انتشار بیانیه‌ای نوشته که «مقابله با سرکوب مرگبار اعتراضات به جان باختن مهسا امینی، نیازمند اقدام فوری جهانی است».