در نخستین واکنش حقوق بشری، سازمان عفو بین‌الملل با اشاره به اعدام هزاران زندانی در تابستان سال ۶۷، می‌گوید ابراهیم رئيسی، رئيس جمهور آینده ایران، باید «به خاطر جرائم بین‌المللی» تحت تعقیب کیفری قرار گیرد.
این سازمان در بیانیه‌ای که روز شنبه، ۲۹ خرداد، در واکنش به اعلام نام ابراهیم رئیسی به عنوان پیشتاز انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ در ایران منتشر کرد تاکید می‌کند که چنین اتفاقی «نمودی فجیع از قصور جامعه بین‌المللی در رسیدگی به بحران مصونیت ساختاری در ایران است».
در تابستان سال ۶۷ که شمار زیادی از زندانیان سیاسی به دستور روح‌الله خمینی به قتل رسیدند، ابراهیم رئیسی معاون دادستان تهران و یکی از اعضای هیئت مشهور به «هیئت مرگ» بود که تصمیم‌گیری دربارهٔ اعدام زندانیان به آن واگذار شده بود.
حسینعلی منتظری، از مراجع تقلید شیعه و قائم مقام وقت خمینی، در دیدار با اعضای این هیئت، آن اعدام‌ها را «بزرگ‌ترین جنایت در تاریخ جمهوری اسلامی» توصیف کرد و گفت در تاریخ از اعضای این هیئت به عنوان «جنایتکار» نام خواهند برد.
سازمان عفو بین‌الملل نیز با اشاره به این رویدادها از آن به عنوان «جنایت علیه بشریت» نام برده و اتهامات ابراهیم رئيسی را «قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه در ابعاد گسترده و سازمان‌یافته» اعلام کرده است.
در بخش دیگری از بیانیه عفو بین‌الملل به سابقه ابراهیم رئیسی در دوران ریاست او بر قوه قضاییه اشاره شده و «دستگیری بی‌ضابطه هزاران» مخالف و معترض حکومت و دادن «مصونیت مطلق به مسئولان دولتی و نیروهای امنیتی» که «مسئول کشتار صدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان ۹۸» بوده‌اند، به عنوان نمونه‌ای دیگر از سوابق ابراهیم رئیسی یاد شده است.
سازمان عفو بین‌الملل با انتقاد از وضعیت موجود که باعث شده است مقام‌های جمهوری اسلامی «از عدالت بگریزند و به جای آن، به مناصب بالای قدرت دست یابند» تاکید کرده است که این وضعیت علاوه بر اعمال «تأثیری ویرانگر بر قربانیان و خانواده‌های آنان»، کمک کرده است که «زمینه ارتکاب مکرر جرایم بین‌المللی و نقض حقوق بشر در ایران به شکلی گسترده و نظام‌مند فراهم» شود.
این سازمان بین‌الملی از کشورهای عضو شورای حقوق بشر سازمان ملل خواسته است که با «تأسیس یک مکانیسم بی‌طرف و مستقل» کمک کنند تا «شواهد و اسناد مرتبط با جدی‌ترین جرایم بین‌المللی ارتکاب یافته در ایران» تقویت شوند تا «زمینه دادرسی‌های کیفری مستقل و عادلانه» علیه مقام‌های حکومت ایران فراهم شود.
در انتخابات اخیر ریاست جمهوری ایران، بازماندگان اعدام‌های تابستان ۶۷ و خانواده قربانیان کشتار آبان ۹۸، در بیانیه‌های متعددی با اشاره به سوابق ابراهیم رئیسی در این رویدادها، خواستار تحریم انتخابات و دادخواهی برای رسیدن به عدالت شدند.