وکیل مدافع سعید مرتضوی، دادستان سابق تهران، از تبرئه موکل خود از اتهام «معاونت در قتل» در جریان اعتراضات سال ۸۸ خبر داد و گفت که «او در اتفاقی که در کهریزک افتاد بی‌گناه بود».
به گفته سعید ایوبی، دیوان عالی کشور سعید مرتضوی را از «معاونت در قتل در اعتراضات سال ۸۸ تبرئه» کرده است.
پس از اعلام نتیجه دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری و اعلام پیروزی محمود احمدی‌نژاد در سال ۸۸، راهپیمایی‌ها و اعتراضات خیابانی گسترده‌ای به راه افتاد.
بر اساس گزارش‌های دولتی، در جریان برخورد خشونت‌بار با معترضان، دست‌کم چهار نفر از بازداشت‌شدگان در بازداشتگاه کهریزک تهران، که با دستور مرتضوی به آنجا منتقل شده بودند، شکنجه و کشته شدند.
پس از شکایت بستگان محسن روح‌الامینی، یکی از چهار نفری که در سال ۸۸ در بازداشتگاه کهریزک شکنجه و کشته شد، سعید مرتضوی، دادستان سابق تهران، ابتدا به پنج سال حبس محکوم شد اما دادگاه تجدید نظر این حکم را به دو سال کاهش داد.
دادسرای تهران دوم اردیبهشت سال ۹۷ اعلام کرد که سعید مرتضوی بازداشت و برای تحمل محکومیت، به زندان اوین منتقل شده است.
وکیل آقای مرتضوی در پاسخ به این که اثر رای دیوان عالی کشور با وجود گذراندن ۱۷ ماه حبس موکلش در زندان چیست؟ گفت: «این رای برای این است که اعاده حیثیت از او شود و مشخص شود که او در اتفاقی که در کهریزک افتاده بی‌گناه بوده است.»
وی افزود: «اگرچه نوشدارو بعد از مرگ سهراب است ولی برای این است که اکنون در تاریخ قضایی می‌ماند حکمی علیه یک دادستانی صادر شده که تمام هم و غمش حفظ امنیت شهری بوده، ولی به جای تقدیر دو سال تحمل حبس کرده است و بعد از دو سال حبس به این نتیجه رسیدند که او بی‌گناه بوده است.»
سعید مرتضوی با آن که برای گذراندن حکم دو سال حبس خود به زندان منتقل شده بود، اما به دلیل آن‌چه «حسن رفتار» خوانده شد، بعد از گذراندن حدود ۱۷ ماه، در مهر سال ۹۸ از زندان آزاد شد.