۱۵ ماه پس از رویدادهای اعتراضی آبان ۹۸ که بر اساس برخی گزارش‌ها منجر به کشته شدن ۱۵۰۰ نفر شد، علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی گفته است «خسارت‌هایی» که در جریان رویدادهای آبان ۹۸ به کشور وارد شد، «قابل پیشگیری» بود.
او در گفت‌وگویی که روز دوشنبه، ۱۸ آبان در خبرگزاری ایسنا منتشر شده، تاکید کرده است که «انتقادات جدی» درباره نحوه اجرای طرح گران شدن بنزین در آبان سال ۹۸ «وجود دارد».
آقای شمخانی به نهاد خاصی اشاره نکرده ولی گفته است در «نحوه اعلام، اجرا و مدیریت کاهش هزینه‌های اجرای طرح» مشکلاتی وجود داشته است.
بر اساس گفته‌های حسن روحانی، رئيس‌جمهور ایران مسئول اعلام و اجرای طرح گران‌کردن بنزین در آن زمان، شورای امنیت کشور بود که وزیر کشور در راس این شورا قرار دارد.
انتقادات شمخانی در حالی مطرح می‌شود که صبح روز ۲۶ آبان ۹۸ پس از طرح برخی انتقادات و اعتراض‌ها در مجلس ایران به گران شدن بنزین، او در یک جلسه غیرعلنی به نمایندگان درباره افزایش نرخ بنزین توضیح داد.
گزارشی از جزئیات این جلسه منتشر نشد ولی دفاع رهبر جمهوری اسلامی از افزایش قیمت بنزین و جلسه شمخانی با نمایندگان باعث شد که فراکسیون امید (اصلاح‌طلبان) مجلس دهم طرح خودش برای لغو افزایش قیمت بنزین را پس بگیرد.
در جریان رویدادهای آبان سال ۹۸، گران شدن قیمت بنزین موجب شکل‌گیری اعتراض‌های مردمی در چند شهر شد که این اعتراض‌ها به سرعت به شهرهای مختلف ایران گسترش یافت و به اعتراض علیه کلیت حکومت و رهبر جمهوری اسلامی تبدیل شد.
در جریان این اعتراض‌ها که با برخورد خشن و سریع ماموران امنیتی و انتظامی همراه بود، بر اساس گزارش خبرگزاری رویترز ۱۵۰۰ نفر کشته شدند.
حکومت ایران تاکنون گزارش دقیقی از آمار کشته‌ها و زخمی‌های این اعتراض‌ها و همچنین تعداد افراد بازداشت شده نداده است و کماکان در حال برگزاری دادگاه محاکمه معترضان بازداشت شده در جریان اعتراض‌های آبان ۹۸ است.
علی شمخانی که پس از اعتراض‌های آبان ۹۸ از سوی رهبر جمهوری اسلامی مسئول رسیدگی به وضعیت خانواده‌های معترضان بود، در این مصاحبه هیچ اشاره‌ای به وضعیت و سرنوشت افراد بازداشت شده یا خانواده قربانیان نکرده است.
او در این مصاحبه همچنین تاکید کرده است که در ماجرای اعتراض‌های آبان ۹۸، «ناهماهنگی‌های اجرایی و سوءمدیریت» وجود داشت و این موضوع باعث «شکل‌گیری بحران امنیتی برای کشور شد».
علی شمخانی پیش از این هم مسئولیت قتل معترضان در آبان ۹۸ را متوجه افرادی که به گفته او «معاندین» بوده‌اند، کرده بود و گفته بود که در این اعتراض‌ها «کشته‌سازی» صورت گرفته است. او در تایید این ادعا هیچ سند و مدرکی ارائه نکرد.
این در حالی است که ویدیوها و عکس‌های متعددی از شلیک مستقیم نیروهای امنیتی، نظامی و انتظامی به معترضان وجود دارد.