حسینعلی نیری قاضی شرع و مسئول هیات متصدی اعدام زندانیان سیاسی تابستان ۱۳۶۷، برای نخستین بار درباره این اعدام‌ها توضیح داد. او در مصاحبه با سایت مرکز اسناد انقلاب اسلامی گفته است «توطئه‌های جدیدی در راه بود» و «نمی‌شد با قربانت بروم و فدایت شوم کشور را اداره کرد».
او در پاسخ به سوالی درباره بحث چند سال اخیر دربار «اعدام‌های دهه شصت و به خصوص سال ۱۳۶۷» می‌گوید:
«آن برهه شرایط ویژه‌ای بود. وضع مملکت بحرانی بود. یعنی اگر قاطعیت امام نبود شاید ما اصلا این امنیت را نداشتیم. شاید اصلا وضعیت طور دیگری بود. شاید اصلا نظام نمی‌ماند. روزی ۵۰ – ۶۰ تا ترور در تهران و شهرهای دیگر اتفاق می‌افتاد. در این شرایط بحرانی باید چه کرد؟ باید حکم قاطعی داد. آن که دادگاه را اداره می‌کند و مسائل در دستش است باید مسئله را جمع کند. در این شرایط که نمی‌شود با “قربانت بروم و فدایت بشوم” کشور را اداره کرد».
آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، با انتشار فرمانی در تابستان سال ۱۳۶۷ هیاتی را برای تشخیص زندانیان سیاسی «محارب و محکوم به اعدام» منصوب کرد. در این هیات نام حسینعلی نیری و مرتضی اشراقی به طور مشخص ذکر شده است.
اعضای کمیته‌ای که از سوی آیت‌الله خمینی به زندان‌ها فرستاده شدند، در میان زندانیان و خانواده آنها به “هیات مرگ” معروف هستند.
نیری درباره اعدام ۶۷: توطئه‌های جدید در کار بود
حسینعلی نیری در پاسخ به سوال دیگری درباره اینکه «می‌گویند کسی که در زندان بود و داشت حبسش را می‌گذراند چه لزومی داشت که مجدد محاکمه شود؟» گفت:
«اینها به خاطر همان پرونده محاکمه نشدند که. اینها در زندان دوباره شلوغ کردند. در فضای زندان باز هم انسجام خودشان را داشتند. نه تنها رابطه تشکیلاتی داشتند بلکه تشکیلات جدیدی هم درون زندان به وجود آورده بودند. از راه‌هایی که می‌دانستند، از بیرون اطلاعات کسب می‌کردند. جو زندان دستشان بود و لذا توطئه‌های جدید در کار بود. اینطور نبود که آنها فقط بخواهند ایام حبسشان را بگذرانند».
او در ادامه این مصاحبه می‌گوید:
«یک وقت کسی مثلا پنج سال زندانی است می‌گوید من باید پنج سال زندان بمانم دیگر چه کار دارم چه می‌کنند؟ ولی اینها توطئه کرده بودند و هماهنگی از بیرون داشتند. یعنی عناد خودشان را می‌خواستند ادامه بدهند. اینها می‌گفتند ما ضرر اقتصادی به نظام بزنیم. سیم تلفن را قطع کنیم. لامپ را بشکنیم و … با اینها که نمی‌شود نظام را سرنگون کرد. یعنی یک لجبازی‌های بچگانه‌ای که مثلا مادر، بچه را تنبیه می‌کند، بچه می‌رود یک جایی یک حرکتی اذیتی می‌کند. مملکتی که این همه خرج دارد با چهار تا لامپ شکستن نظام سرنگون می‌شود؟»
جمهوری اسلامی ایران در مرداد و شهریور ۱۳۶۷ هزاران زندانی سیاسی را با استناد به حکم آیت‌الله خمینی در دادگاه‌هایی چند دقیقه‌ای و بدون تشریفات قضایی معمول اعدام کرد و مخفیانه به خاک سپرد.
مسئولان حکومت تا کنون از اعلام شمار اعدامیان سیاسی آن سال و تحویل اجساد آنها به خانواده‌هایشان خودداری کرده‌اند.
حکم آیت‌الله خمینی به حسینعلی نیری درباره اعدام‌ها
رهبر وقت ایران در فرمان خود افراد دیگری را نیز برای حضور در هیات متصدی اعدام‌ها واجد شرایط دانسته و نوشته بود:
«کسانی که در زندانهای سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین‌طور در زندانهای مراکز استان کشور رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم الاتباع می‌باشد».
ابراهیم رئیسی (معاون دادستان وقت) و مصطفی پورمحمدی (نماینده وقت وزارت اطلاعات در زندان اوین) از دیگر اعضای «هیات مرگ» بودند که در جلسه خصوصی در تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۶۷با آیت منتظری حاضر شدند.
مسئله اعدام‌های تابستان ۱۳۶۷ را سال‌ها زندانیان و خانواده‌های آنها مطرح می‌کردند، اما انتشار فایل صوتی دیدار «هیات مرگ» با آیت الله منتظری سبب شد که سکوت مسئولان در این باره شکسته شود.
از جمله مصطفی پورمحمدی با «جنگی» خواندن بستر تاریخی اعدام‌های ۱۳۶۷ گفت «حالا ما به خاطر فضای روانی بدهکاریم و باید پاسخ بدهیم؟». او اضافه کرد که در این باره موضوع دفاع حقوقی و حقوق شهروندی موضوعیت ندارد.
پیشتر ابراهیم رئیسی یکی دیگر از مسئولان این اعدام‌ها نیز گفته بود باید در این باره «تشویق» شود نه اینکه هدف انتقاد قرار بگیرد.
نیری در دیدار خصوصی به آیت‌الله منتظری چه گفت؟
در پی اعتراض‌های مکرر آیت‌الله منتظری و نامه‌های اعتراضی او به آیت‌الله خمینی در رابطه با اعدام زندانیان سیاسی چهار عضو کمیته متصدی اعدام‌ها در تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ جلسه خصوصی به دیدن قائم مقام وقت رهبر ایران رفتند.
در این جلسه حسینعلی نیری، مصطفی پورمحمدی، سید ابراهیم رئیسی و مرتضی اشراقی به عنوان اعضای هیات از این اعدام‌ها دفاع کردند.
حسینعلی نیری که ریاست هیات را هم بر عهده دارد، در این جلسه خطاب به آیت‌الله منتظری می‌گوید:
«در رابطه با شیوه کار خودمان. از روز اول که ما این پیام را گرفتیم خدا شاهده که ما با این نیت که روز قیامت باید جواب این را بدیم در خدمت برادرها جلسه تشکیل دادیم و تک تک اینها را آوردیم تو اتاق. مورد داشتیم که چهار بار این را آوردیم باهاش صحبت کردیم. کرارا داشتیم که سه بار باهاش صحبت کردیم. یعنی تا اونجایی که واقعا به مرحله ی صددرصد نرسیدیم که اون عنوانی که امام معین فرموده‌اند درباره‌ی این فرد صدق می‌کند، امضاء نکردیم».
او تاکید می‌کند که «این شیوه کارمان بوده، مواردی که تا به حال اجرا کردیم تمام مواردی بوده که به اتفاق آراء بوده».
گروه‌های اپوزیسیون و آیت‌الله منتظری از آقای نیری به عنوان مسئول هیات مرگ نام برده بودند. اما اولین بار ایرج مصداقی در مقاله‌ای نام کامل او را فاش کرد. در سال‌‌های قبل برخی به اشتباه او را جعفر نیری معرفی کرده بودند.
رابطه حمید نوری با حسینعلی نیری
حمید نوری متهم به مشارکت در کشتار زندانیان سیاسی در زندان گوهردشت در سال ۱۳۶۷، در جلسات دادگاه خود تایید کرده است که حسینعلی نیری را می‌شناسد و این قاضی شرع پیشین دادگاه انقلاب «۱۰ تا ۱۵ سال» به مراسم افطاری که او ترتیب می‌داد، می‌رفت.
دادگاه آقای نوری در سوئد برگزار شده است.
در دادگاه از حمید نوری پرسیده شد که چرا چندین شماره تلفن ثابت و همراه حسینعلی نیری و همچنین محافظانش را در حافظه گوشی موبایلش ثبت دارد.
حمید نوری در دادگاه استکهلم گفت در ایران کارهای ساختمانی هم می‌کرد و پیش از سفرش به سوئد مشغول ساخت خانه‌ای برای حسینعلی نیری بود اما با بازداشتش این ساختمان نیمه کاره مانده است.
دادستانی سوئد در جریان رسیدگی به پرونده حمید نوری از حسینعلی نیری و مرتضی اشراقی، اعضای «کمیسیون مرگ» در مورد نقش حمید نوری استعلام کرده است.
نیری: گیلانی می‌گفت خدا حکمش را معین کرده
حسینعلی نیری در این مصاحبه به طور عمده به خاطرات خود از محمد محمدی گیلانی رئیس پیشین دادگاه‌های انقلاب نیز پرداخته است.
حسینعلی نیری می‌گوید محمدی گیلانی درباره برخورد با مخالفان سیاسی در دهه شصت «به ما هم سفارش می‌کرد و می‌گفت حالا این شخص آدم کشته، محاکمه‌اش کنید، اگر حقش اعدام است خب اعدام شود؛ اگر زندانی است، زندان برود؛ اگر باید شلاق بخورد شلاق بخورد… در بعضی از موارد ایشان می‌فرمود خدا حکمش را معین کرده، این شخص آدم کشته باشد کشته شود، ترور کرده باید اعدام شود؛ حالا من چگونه دلسوزی کنم؟ آن کسی که خالق و مالک و قانونگذار ماست او گفته اینجا باید اعدام کنی؛ من چه بگویم؟ بگویم نباید بکشی؟»
محمد محمدی گیلانی از افراد نزدیک به آیت‌الله خمینی بود. او پس از انقلاب قاضی شرع و مدتی هم رئیس دادگاه انقلاب بود.
نیری می‌گوید محمدی گیلانی فرزندانش را نکشت
حسینعلی نیری همچنین درباره چگونگی کشته شدن فرزندان آیت‌الله گیلانی گفت که دو نفر از آنها «در زمین» سازمان مجاهدین خلق فعالیت می‌کردند.
این قاضی شرع پیشین گفت «خب اینها در آن درگیری‌ها کشته شده بودند. شایعه شده بود که ایشان حکم اعدام بچه‌هایش را داده. این دروغ بود. بچه‌های ایشان کارشان به زندان نکشید و در درگیری کشته شدند».
حسینعلی نیری در ادامه می‌گوید «شایعه کرده بودند که ایشان حکم اعدام داده است. در تاریخ نداریم که پدری حکم اعدام بچه‌اش را بدهد. عده‌ای می‌خواستند از این موضوع سوءاستفاده کنند و بگویند ایشان اینقدر آدم قسی‌القلبی است که حکم اعدام بچه‌هایش را داده، از آن طرف عده‌ای می‌گفتند چه آدم اخلاق‌مداری است که اینطور کرده».
در مهرماه سال ١٣٩١، سردبیر روزنامه کیهان در مطلبی با عنوان “آن سوی این هیاهو” ضمن انتقاد از حمایت اکبر هاشمی رفسنجانی از فرزندش، مهدی، به مقایسه این شیوه با برخورد محمدی گیلانی با فرزندانش پرداخت و نوشته بود «می‌گویند این اقدام دستگاه قضایی با هدف تضعیف و تخریب شخصیت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی صورت پذیرفته است! که در این باره باید گفت؛ آیا دستگیری فرزند حضرت آیت‌الله محمدی گیلانی که از قضا با دخالت خود ایشان صورت پذیرفت و اعدام وی را در پی داشت، اقدامی علیه شخصیت آن بزرگوار بود؟ و یا دستگیری فرزند مرحوم آیت‌الله مشکینی یا دستگیری منجر به اعدام فرزند حجت الاسلام والمسلمین حسنی- از پیشگامان شجاع و برجسته انقلاب اسلامی …. با هدف تضعیف و تخریب آنان صورت پذیرفته بود؟»
محمد محمدی گیلانی از دهه ۶۰ تا زمان مرگش در مورد واقعی یا غیرواقعی بودن نقشش در صدور حکم اعدام برای فرزندانش اظهار نظری نکرد.
اما حسینعلی نیری در مصاحبه اخیر خود به نقل از محمدی گیلانی درباره کشته شدن فرزاندنش گفت «من اجازه ندارم حتی برای اینها گریه کنم که فردای قیامت خدا به من بگوید برای این بچه منافق چرا گریه کردی؟ خیلی به آدم فشار می‌آید که انسان فرزندش در راه باطلی کشته می‌شود و انسان باید خودش را نگه دارد که گریه هم نکند چون خدا از من سوال کند که چرا برای فرزند منافقت گریه کردی؟»