در حالی که همگان در ایران می دانند شورای نگهبان گوش به فرمان خامنه ای و مجری دستورات اوست، و چهره های نزدیک به او نظیر علی لاریجانی بدون اطلاع وی رد صلاحیت نشده اند، وی روز جمعه در سخنرنی سالانه ی خود به مناسبت سالگرد درگذشت خمینی مسئولیت رفتارهای شورای نگهبان را از دوش خود برداشت و گفت در جریان «عدم احراز صلاحیت» نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری به برخی از کسانی که صلاحیت آنها احراز نشد «جفا و ظلم» شد.
پیش از این او در یک سخنرانی دیگر و بعد از رد صلاحیت های گسترده، از شورای نگهبان و اقداماتش دفاع کرده بود.
رهبر ایران این سخنان را در جریان سخنرانی سالانه خود به مناسبت سالگرد درگذشت خمینی، بیان کرد. به گزارش خبرگزاری های ایران علی خامنه ای گفت: «در جریان عدم احراز صلاحیت به برخی کسانی که صلاحیتشان احراز نشد جفا شد. به خودشان و خانواده‌هایشان نسبت هایی داده شد که معلوم شد خلاف است. فضای مجازی بدون هیچ قید و بندی این مسایل را منتشر کردند. مطالبه من این است که دستگاه های مسئول جبران کنند. گزارش ها خلاف واقع بود.»
علی خامنه ای در حالی از گزارش های «خلاف واقع» در مورد نامزدهای ریاست جمهوری و «جبران» آن سخن می گوید که تبلیغات هفت نامزد مورد تائید شورای نگهبان آغاز شده و تنها دو هفته به روز رای گیری باقی مانده است.
عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان در واکنش به سخنان روز جمعه دیکتاتور ایران گفت: «به زودی اعلام نظر می کنیم. الان چیزی نمی‌توانم اعلام کنم.»
سخنگوی شورای نگهبان همچنین در صفحه توئیتر خود سخنان علی خامنه ای را «فصل الخطاب» و حکم او را «لازم الاتباع» دانست. او نوشت: «شورای نگهبان با اذعان به اینکه مصون از خطا نمی باشد بزودی نظر خود را اعلام خواهد کرد.»
علی لاریحانی، رئیس پیشین مجلس، محمود احمدی نژاد، رئیس جمهوری سابق و اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهوری از جمله نامزدهای سرشناسی هستند که شورای نگهبان مانع از حضور آنها در عرصه انتخابات ریاست جمهوری شده است.
علی مطهری، نایب رئیس پیشین مجلس که خود یکی از ردصلاحیت شدگان این دوره از انتخابات ریاست جمهوری است در واکنش به سخنان رهبر ایران گفت: «به نظر من مفهوم این جمله ایشان این است که شورای نگهبان باید جلسه‌ای تشکیل دهد و حداقل آقای لاریجانی را تایید صلاحیت کند و ایشان وارد رقابت ها شود.»
برادر همسر علی لاریجانی افزود: «اگر غیر از این باشد جبران معنی نمی دهد.»
به نظر می رسد اظهارات علی خامنه ای از یک سو برای دلجویی نسبت به برخی از افراد نزدیک به خود که در این انتخابات رد صلاحیت شدند و از سوی دیگر برای جلوگیری از تحریم گسترده ی انتخابات صورت گرفته و او قصد داشته باشد در روزهای آخر با وارد کردن «شوک انتخاباتی» عده ی بیشتری را به سوی صندوق های رای بکشاند. سخنگوی شورای نگهبان گفته است که حرف های خامنه ای فصل الخطاب است و شورای نگهبان به زود نظر خود را اعلام خواهد کرد. این اظهارات می تواند به معنای آن باشد که شورای نگهبان دست کم علی لاریجانی را هم به بازی رسوای انتخابات ۱۴۰۰ اعزام کند.