مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای حمله به مدارس و مسموم‌سازی دانش‌آموزان دختر را «حمله‌ای شیمیایی‌بیولوژیک» خواند و هدف آن را «رعب‌آفرینی برای جلوگیری از تحصیل دختران» و «ایجاد جو وحشت و رعب عمومی» خواند.
این مجمع به مقام‌های جمهوری اسلامی هشدار داد که با وجود «مشکلات معیشتی»، «ناکارآمدی دولت» و «بحران مشروعیت نظام»، حمله به مدارس و مسموم‌سازی دانش‌آموزان «جز افزودن بر نارضایتی انباشته جامعه از حکومت» ثمره‌ای ندارد.
بیانیه مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، تشکل روحانیون نزدیک به جریان اصلاح‌طلب، که روز شنبه سیزدهم دی ماه و نزدیک صد روز پس از آغاز مسموم‌سازی دانش‌آموزان دختر منتشر شد.
در این بیانیه آمده است: «با گذشت چندماه از شروع این اقدامات، که حمله‌ای شیمیایی‌بیولوژیک تلقی می‌شود، هنوز راز آن به درستی مشخص نشده است» و «ادعا‌های متناقض و ناسازگار طرح شده از سوی برخی مقامات رسمی» که «بر پیچیدگی ماجرا افزوده و افکار عمومی را قانع نکرده است.»
مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم با اشاره به اینکه برخی شواهد نشان می‌دهد «جریانی افراطی با رعب‌آفرینی و ایجاد هراس در پی جلوگیری از تحصیل دختران» است، تاکید کرد که این ایده «از سوی برخی از محافل که رویکرد خشونت‌آمیز و تندروانه خویش را در پوشش برداشت‌های افراطی از آموزه‌های دینی طرح می‌کنند، پشتیبانی می‌شود.»
در بخشی از این بیانیه، مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم همزمان به احتمال وجود «اهدافی دیگر، همچون ایجاد جو وحشت و رعب عمومی» نیز در پس حملات با گازهای سمی به مدارس اشاره کرد و افزود که این اهداف نیز «از جهت امنیتی قابل توجه است».
این مجمع در ادامه تاکید کرد که «ماجرای هولناک مسموم‌سازی دانش آموزان دختر» که به شکل پی در پی و زنجیره‌ای از مدارس دخترانه قم آغاز و به دیگر نقاط کشور کشیده شده است، اکنون «موجی شدید از نگرانی و اضطراب» را در سراسر جامعه پدید آورده و طی آن، صد‌ها تن از دختران و حتی برخی از دبیران در بیمارستان بستری و به عوارض این مسمومیت گرفتار شده‌اند.
مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم به نبود جدیت در مقام‌ها و دستگاه‌های حکومتی در پیگیری مسموم‌سازی نیز اشاره کرد و افزود: «بی تردید اگر مسئولان امر با جدیت مسئله را پیگیری و به درخواست اولیاء فرزندان توجه می‌کردند، دامنه فاجعه تا این اندازه گسترش نمی‌یافت.»
اعضای مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم در بیانیه خود از «حق آموزش و پرورش» به عنوان یکی از اصول بنیادی حقوق بشر حمایت کرده و افزودند: «مغز‌های پوسیده‌ای» که به محروم کردن دختران این سرزمین از این حق اولیه و اساسی می‌اندیشند، از یک سو «با آموزه‌های اصیل دینی مقابله می‌کنند» و از سوی دیگر «کارنامه خود را سیاه‌تر و خود را در پیشگاه ملت رسواتر» می‌کنند.
این مجمع به این دستگاه‌های حکومتی به ویژه دستگاه امنیتی و قضایی جمهوری اسلامی توصیه کرد «به جای امنیتی کردن فضای عمومی و برخورد با معترضان»، با شناسایی و محاکمه عوامل این حملات از تکرار فاجعه در مدارس جلوگیری کنند.
در بخشی از بیانیه مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم نیز از ضرب و شتم یک زن در مقابل مدرسه ۱۳ آبان تهرانسر به دست نیروهای امنیتی ابراز تاسف شده و آمده است که این نیروها «در سایه بعضی حمایت‌ها و با احساس امنیت و بدون پروا مادری را که در دفاع از سلامت و حقوق دختران، به اعتراض برخاسته، به شکلی وحشیانه در برابر دیدگان عموم مردم مورد ضرب و شتم» قرار داده‌اند.
مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم در بیانیه خود به مقام‌های ارشد جمهوری اسلامی هشدار داد که در «وضعیت پر التهاب و بحرانی کنونی» که «مشکلات معیشتی و تورم کمر مردم را شکسته، اکثریت جامعه را به ستوه آورده و نظام را با بحران مشروعیت روبرو کرده است»، اقداماتی چون حمله به مدارس و مسموم‌سازی دانش‌آموزان «جز افزودن بر نارضایتی انباشته شده جامعه از حکومت» ثمره‌ای ندارد.