رئیس مرکز حفاظت و اطلاعات قوه قضائیه به صورت تلویحی از اتفاقات اخیر در زندان‌ها انتقاد کرد و گفت که «در ایران اسلامی باید رفتار زندانبانی نیز در چارچوب رفتار اسلامی و قانونی باشد».
علی عبدالهی روز پنجشنبه اول مهر بدون اشاره به اتفاقات زندان‌ها از جمله مرگ مشکوک زندانیان و انتشار تصاویر بدرفتاری با زندانیان در زندان اوین گفت: «این‌که در حوزه ماموریتی یک مدیر، اتفاقی رقم بخورد و وی پاسخگو نباشد یا بگوید من نمی‌دانستم، ظلم به خود است و جای گلایه دارد».
او قوه قضائیه را مسئول صیانت از زندانیان دانسته است ولی اشاره نکرده که آیا با عوامل این اتفاقات برخورد شده است.
دو روز پیش از این اظهارات، سازمان حقوق بشر ایران از «مرگ مشکوک» شاهین ناصری در زندان تهران بزرگ خبر داد.
شاهین ناصری آبان ۹۸ با نوشتن نامه‌ای رسمی و ثبت‌شده از زندان شهادت داده بود که شخصا در آگاهی شیراز شاهد شکنجه نوید افکاری بوده است. او پس از شهادت درباره شکنجه نوید افکاری، به زندان تهران بزرگ تبعید شد و روز ۳۰ شهریور منابع حقوق بشری خبر دادند که او در زندان جان خود را از دست داده است.
اداره کل زندان‌های استان تهران روز پنجشنبه با انتشار اطلاعیه‌ای خبر فوت او را تأیید کرد، اما دربارۀ علت اصلی مرگ او توضیحی نداد و به «شرایط اورژانسی» شاهین ناصری هنگام «مراجعه به بهداری زندان» اشاره کرده و این‌که «عملیات احیا به‌مدت ۴۵ دقیقه» انجام گرفته، اما بی‌نتیجه بوده است.
در متن اطلاعیۀ اداره‌کل زندان‌های استان تهران به‌جای توضیح شرایط این زندانی و دلیل اصلی قرار گرفتن او در «شرایط اورژانسی»، بیشتر سوابق قضایی شاهین ناصری ذکر شده و همچنین از او به عنوان «کلاهبرداری حرفه‌ای با هشت بار سابقۀ بازداشت» یاد شده است.
یک روز پیشتر هم ذبیح‌الله خداییان، سخنگوی قوه قضائیه، گفته بود که علت مرگ میثم رضایی، متهم ردیف اول پرونده «مفتاح خودرو»، مشخص نیست و پزشکی قانونی هنوز علت مرگ او را اعلام نکرده است.
میثم رضایی اما متهم ردیف اول پرونده «مفتاح خودرو»، از جنجالی‌ترین پرونده‌های فساد اقتصادی سال‌های گذشته ایران، است و قوه قضائیه مرگ او در زندان را تایید کرده است.
اما این دو نفر تنها زندانیانی نیستند که جان خود را در زندان از دست داده‌اند و دستگاه قضایی هیچ‌گونه مسئولیتی را نپذیرفته است.
بر اساس قوانین جمهوری اسلامی، مسئولیت سلامتی زندانیان بر عهده دستگاه قضایی و سازمان زندان‌هاست، با این حال مسئولان این نهادها همراه با نهادهای امنیتی با مخفی‌کاری، جعل روایت و فشار بر خانواده‌های زندانیان و جان‌باختگان از هرگونه پاسخگویی و پذیرش مسئولیت سرباز می‌زنند.
در خردادماه گذشته، ساسان نیک‌نفس، زندانی سیاسی، در زندان تهران بزرگ به دلیل وخامت وضعیت جسمی و عدم رسیدگی مسئولان جان خود را از دست داد و اداره کل زندان‌های استان تهران مدعی شد که وی بر اثر «مصرف قرص» جان باخته است.
علی شریف‌زاده، وکیل ساسان نیک‌نفس اما به رادیو فردا گفت که که موکلش دچار بیماری‌های کبدی، دیابت و اعصاب و روان بود و مسئولان قضایی و مسئولان زندان در جریان وضعیت وخیم جسمانی او بوده‌اند.
بهمن ۹۹ هم بهنام محجوبی، زندانی عقیدتی، شش روز پس از انتقال به بخش مراقبت‌های ویژه بیمارستان لقمان، جان باخت. صالحه حسینی، همسر بهنام محجوبی به رادیو فردا گفت که بی‌توجهی به نظریه پزشکان مبنی بر عدم تحمل حبس، عدم رسیدگی به موقع پزشکی و تاخیر در اعزام او به بیمارستان باعث وخامت وضعیت جسمانی و در نهایت به کما رفتن این زندانی عقیدتی شد.
رئیس مرکز حفاظت و اطلاعات قوه قضائیه در اظهارات روز پنجشنبه خود به هیچ یک از این موارد اشاره‌ای نکرده و تنها گفته است که «قبل از تربیت زندانیان، ابتدا به امور اصلاحی خودمان بپردازیم و قصور خودمان را شناسایی و جبران کنیم».
این سخنان در حالی است که بعد از انتشار گزارشی از شکنجه‌ها، بدرفتاری‌ها و شرایط نگهداری زنان زندانی زندان بوشهر توسط سپیده قلیان، فعال مدنی، مسئولان مربوطه به جای رسیدگی به این وضعیت، از خانم قلیان شکایت کردند.
سپیده قلیان که در مرخصی از زندان به سر می برد روز ۱۸ شهریور در یک رشته توئیت، از بند زنان زندان مرکزی بوشهر به عنوان «جایی که نزدیک آخر دنیا است» نام برده و نوشته بود که در این زندان موضوعاتی از جمله «صیغه موقت برخی زنان نیازمند از سوی زندانی‌های مرد بند مالی با هماهنگی مسئول بند»، «اجباری بودن حجاب جز در تختخواب» مطرح بوده و موارد متعددی از شکنجه زندانیان رخ داده است.
محمدمهدی حاج محمدی، رئیس سازمان زندان‌های ایران اما در واکنش به اظهارات اخیر سپیده قلیان، در خصوص وضعیت بند زنان زندان مرکزی بوشهر، موارد مطرح شده را «ادعاهای عجیب» خواند و وعده بررسی داد.
رئیس سازمان زندان‌ها گفته بود که مدیرکل بازرسی سازمان زندان‌ها را برای بررسی درستی یا نادرستی این گزارش اعزام کرده است. تاکنون اعلام نشده که نتیجه این بررسی‌ها چه بوده است. در مقابل با شکایت اداره کل زندان‌های استان بوشهر از سپیده قلیان، شعبه دوم دادسرای عمومی و انقلاب بوشهر خانم قلیان را، بر اساس این شکایت، به اتهام «نشر اکاذیب رایانه‌ای و فعالیت تبلیغی علیه نظام» احضار کرده است.
یک ماه پیشتر و در ۳۱ مرداد ماه یک گروه سایبری موسوم به «عدالت علی» ویدئوهایی را در اختیار رادیو فردا و برخی دیگر رسانه‌ها قرار داد که می‌گوید با هک کردن دوربین‌های امنیتی زندان اوین به‌دست آورده است. این تصاویر حاوی شکنجه، بدرفتاری با زندانیان و کتک زدن و برهنه کردن آن‌ها، قاچاق مواد مخدر به درون زندان، درگیر شدن ماموران با یکدیگر و همچنین اقدام به خودکشی زندانیان است.
انتشار این فیلم‌ها انتقادهای شدیدی از عملکرد قوه قضائیه برانگیخت و در نهایت خبرگزاری رسمی قوه قضائیه هشتم شهریور اعلام کرد که در ارتباط با فیلم‌های منتشر شده از بدرفتاری زندانبانان اوین با زندانیان «شش نفر» تحت تعقیب قضایی و بازپرسی قرار گرفته‌اند.
محمد مصدق، معاون اول قوه قضائیه، اما روز هفتم شهریور مدعی شده بود خیلی از تصاویری که شکنجه، بدرفتاری و کتک زدن زندانیان در زندان اوین را نشان می‌دهد «مونتاژ است و اصلا ربطی به زندان ندارند».
حسن نوروزی، نایب رئیس کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس، هم گفته بود این تصاویر «فیلم‌سازی صهیونیست‌ها» است تا حواس مردم را از «شکست آمریکا از چریک‌های مظلوم و پابرهنه افغانستانی» منحرف کنند.
علی عبدالهی، رئیس مرکز حفاظت و اطلاعات قوه قضائیه، هم روز پنجشنبه همچون دیگر مقامات قضایی و امنیتی جمهوری اسلامی، مسئله حقوق بشر را به «دشمن» نسبت داده و مدعی شد که «دشمن» در بحث هسته‌ای و موشکی و منطقه‌ای ناکام مانده و تنها پناهگاهش دستاویز قرار دادن کلمه «حقوق بشر» است.