علی مطهری، نایب رئیس سابق مجلس شورای اسلامی، یک روز پس از بازتاب سخنانش در مورد برنامه هسته‌ای ایران که گفته بود:«از همان ابتدا هدف‌مان تولید بمب هسته‌ای بود اما افشا شد»، در صفحه شخصی خود نوشت که این جمله او از سوی رسانه‌ها «درست منعکس نشده است.»
روز یکشنبه چهارم اردیبهشت «باشگاه خبرنگاران دانشجویی ایران» (ایسکانیوز ) مصاحبه‌‌ای از آقای مطهری منتشر کرد که او در پاسخ به پرسشی درباره جنبه تسلیحاتی برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی اظهار داشت: «از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدف‌مان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسئله را حفظ کنیم و گزارش‌های محرمانه توسط گروهک منافقین (شورای ملی مقاومت ایران) افشا شد».
علی مطهری یک روز بعد در صفحه شخصی خود نوشت: «از مصاحبه من با ایسکانیوز جمله‌ای به این مضمون نقل شده است که ‘ما از ابتدا دنبال ساخت بمب اتم بودیم ولی گزارش منافقین مانع شد’. این جمله با توجه به قبل و بعد آن و سؤال مصاحبه‌کننده درست منعکس نشده است.
وی ادامه داد: «آنجا گفته شد که از ابتدا عده‌ای بودند که معتقد بودند ساخت این سلاح برای ترساندن دشمن مانعی ندارد، چنانکه قرآن می‌گوید ‘ترهبون به عدوّ الله’ ولی استفاده از آن اشکال دارد. این مطلب باعث شد که منافقین [شورای ملی مقاومت ایران] فعالیت هسته‌ای جمهوری اسلامی را به عنوان ساخت بمب گزارش کنند. ولی سیاست و هدف نظام هیچ‌گاه ساخت بمب هسته‌ای نبوده است چنانکه مقام رهبری تولید آن را حرام اعلام کردند.»
این تکذیب در حالی صورت می‌گیرد که پیشتر اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهوری سابق ایران، نیز تایید کرده بود که ایران در دوران جنگ با عراق، «در فکر تولید بمب هسته‌ای بود اما آن را عملی نکرد».
محسن رضایی فرمانده سپاه در دوران جنگ نیز در نامه‌ای محرمانه به آیت‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی از نیاز به داشتن «سلاح‌های لیزری و هسته‌ای» برای بازدارندگی مقابل حملات عراق سخن گفته بود.
برای اولین بار شورای ملی مقاومت ایران در سال ۱۳۸۱ فعالیت غنی‌سازی اورانیوم در نطنز و تاسیسات آب سنگین اراک را افشا کرد.