نایب رئیس سابق مجلس شورای اسلامی می‌گوید جمهوری اسلامی ایران از همان ابتدا به‌دنبال ساخت بمب هسته‌ای برای «تقویت قوای بازدارنده» بود، اما نتوانست محرمانه بودن این موضوع را حفظ کند و افشا شد.
علی مطهری روز یکشنبه چهارم اردیبهشت در مصاحبه با «باشگاه خبرنگاران دانشجویی ایران» در پاسخ به سوالی درباره اظهار نظر سابقش درباره این‌که «می‌توانیم در ایران بمب اتم بسازیم چون شرع استفاده از بمب اتم را برای ما حرام کرده نه ساخت آن را» اظهار داشت: «از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدف‌مان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسئله را حفظ کنیم و گزارش‌های محرمانه توسط گروهک منافقین (شورای ملی مقاومت ایران) افشا شد».
قبلا اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهوری سابق ایران، نیز تایید کرده بود که ایران در دوران جنگ با عراق، «در فکر تولید بمب هسته‌ای بود اما آن را عملی نکرد».
محسن رضایی فرمانده سپاه در دوران جنگ نیز در نامه‌ای محرمانه به آیت‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی از نیاز به داشتن «سلاح‌های لیزری و هسته‌ای» برای بازدارندگی مقابل حملات عراق سخن گفته بود.
برای اولین بار شورای ملی مقاومت ایران در سال ۱۳۸۱ فعالیت غنی‌سازی اورانیوم در نطنز و تاسیسات آب سنگین اراک را افشا کرد.
آقای مطهری در ادامه گفته است: کشوری که می‌خواهد استفاده صلح‌آمیز هسته‌ای داشته باشد، هیچ‌گاه از غنی‌سازی شروع نمی‌کند بلکه ابتدا رأکتور تأسیس می‌کند و بعد به حوزه غنی‌سازی وارد می‌شود، اما این‌که مستقیماً غنی‌سازی انجام دهیم این شائبه را ایجاد می‌کند که می‌خواهیم بمب بسازیم.
او افزود: «اگر ما هم مانند پاکستان می‌توانستیم به‌طور محرمانه بمب بسازیم و آزمایش کنیم بسیار بازدارنده بود. کشورهای دیگر روی توان هسته‌ای حساب باز می‌کنند، لذا معتقدم وقتی کاری را شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم».
ایران طی ۲۰ سال گذشته همواره مدعی بوده که دنبال ساخت سلاح هسته‌ای نیست و مقامات جمهوری اسلامی بارها به فتوای آیت‌الله علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی استناد کرده‌اند که استفاده از سلاح‌های شیمیایی و هسته‌ای را «حرام» اعلام کرده است.
هنوز هیچ سندی دال بر وجود چنین فتوایی منتشر نشده است.
آمریکا، اسرائیل و برخی کشورهای اروپایی، ایران را به پنهانکاری در برنامه هسته‌ای متهم می‌کنند و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز اعلام کرده که ایران از شفاف‌سازی سایت‌های مشکوکی که آثار اورانیوم در آن کشف شده است، طفره می‌رود.
ایران همچنین به وجود دومین سایت غنی‌سازی اورانیوم خود، فردو، نیز بعد از افشا شدن توسط مقامات اطلاعاتی آمریکا و فرانسه در سپتامبر سال ۲۰۰۹ میلادی اذعان کرد.
آقای مطهری در بخش دیگری از مصاحبه خود به مذاکرات برجام اشاره کرده و گفته است تا آن‌جا که اطلاع دارم اختلاف برسر خارج کردن نام سپاه از فهرست گروه‌های تروریستی است: «ایران پافشاری می‌کند که به نظرم درست هم هست؛ چون اگر سپاه از فهرست تروریسم خارج نشود، به دلیل این‌که ورود گسترده‌ای در امور اقتصادی دارد، هر شرکتی که ارتباطی با سپاه داشته باشد هم تحریم می‌شود و در نتیجه همه تحریم‌ها رفع نمی‌شود، لذا معتقدم باید تلاش کنیم این کار انجام شود».
او اظهار داشت: در مذاکرات قبلی در گزارشی که در اواخر سال ۹۹ محمدجواد ظریف وزیر خارجه سابق به مجلس داد، مسئله رفع تحریم‌های نهادهای مرتبط با رهبری و سپاه «حل شده بود و آمریکایی‌ها قبول کرده بودند که حتی نام سپاه را از فهرست تروریست‌ها خارج کنند»؛ به نظرم تأخیر و تعللی که به دلیل تغییر دولت پیش آمد و شروع دوباره مذاکرات در دولت جدید سبب شد آمریکایی‌ها تجدیدنظر کنند.
خبرگزاری فرانسه در گزارشی که ۳۱ فروردین منتشر کرده بود، می‌گوید به نظر می‌رسد جو بایدن، رئیس‌جمهوری آمریکا، به مرور مصمم‌تر شده است که سپاه پاسداران را در فهرست سازمان‌های تروریستی دولت آمریکا حفظ کند. بنا بر گزارش‌ها حذف سپاه پاسداران از این فهرست یکی از شروط اصلی ایران برای توافق در مورد احیای برجام است.
در همین حال، سایت «نورنیوز» که به شورای عالی امنیت ملی ایران نزدیک است، در توئیتی به نقل از «یک مقام مطلع در سازمان انرژی اتمی»، اظهارات علی مطهری درباره جهت‌گیری نظامی برنامه هسته‌ای ایران را تکذیب کرد.
این «مقام» گفته است که «برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای ایران هیچ‌گاه جهت‌گیری نظامی نداشته و اظهارات افراد غیر مسئول در این زمینه ناشی از بی‌اطلاعی و یا رویکرد سیاسی خاص آن‌ها است».