۱۵ سازمان حقوق بشری با انتشار بیانیه‌ای مشترک ضمن ابراز نگرانی از حکم انحلال جمعیت امام علی، از دولت ایران خواستند تا فوراً این تصمیم را که «آشکارا ناقض آزادی انجمن و بیان»است لغو کند.
این سازمان‌ها از کمیسر حقوق بشر سازمان ملل و دولت‌های عضو شورای حقوق بشر و شورای اقتصادی و اجتماعی سازمان ملل نیز خواسته‌اند تا «در بالاترین سطوح» درباره این پرونده با حکومت ایران گفت‌وگو کنند و به آنها برای توقف وضع محدودیت‌های بیشتر بر فضای مدنی محدودشده ایران فشار بیاورند.
جمعیت امام علی روز ۱۳ اسفند در صفحه توئیتر خود از صدور رای انحلال این بنیاد در دادگاه بدوی خبر داد.
همان روز سعید دهقان، وکیل دادگستری، در توییتی نوشت که رای دادگاه «کاملاً از بی‌طرفی خارج است» و «حکم از قبل انشاء شده بود».
صدور این حکم حتی در درون دولت حسن روحانی هم به اختلاف نظرهایی منجر شده است. به گفته یک مدیر معاونت حقوقی رئیس جمهوری، این معاونت در جلسات درخواست انحلال امام علی حضور نداشته و از وزیر کشور و رئيس جمهور خواستار «استرداد یا استمهال در رسیدگی قضایی» در پرونده این جمعیت بوده است.
کمپین حقوق بشر در ایران، دیدبان حقوق بشر، بنیاد عبدالرحمن برومند، بنیاد سیامک پورزند و مرکز اسناد حقوق بشر به همراه ده سازمان و گروه حقوق بشری دیگر در بیانیه مشترک خود نوشته‌اند: «جمعیت امام علی، در فضای به شدت محدود مدنی، در چارچوب‌های قانونی کار می‌کند تا حمایت‌های حیاتی از گروه‌های به حاشیه رانده شده از جمله کودکان ارائه کند.»
به گفته سازمان‌های جامعه مدنی و حقوق بشری امضاکننده بیانیه، «فشار هماهنگ از سوی دولت روحانی و دستگاه امنیتی برای انحلال جمعیت امام علی تهاجمی جدید بر انجمن‌های مستقل [در ایران] است».
پیشتر هم کمپین حقوق بشر در ایران انحلال جمعیت «امام علی» را «گواه دخالت مقامات حکومتی در روند فعالیت‌های موسسات و نهادهای مستقل و مردم‌نهاد در ایران» عنوان کرده بود.
این سازمان‌های حقوق بشری با اشاره به بازداشت بنیانگذار و دو عضو جمعیت امام علی اعلام کرده‌اند که حکم انحلال از سوی دادگاه را «ادامه سال‌ها فشار فزاینده مقامات روی این گروه» می‌دانند.
شارمین میمندی‌نژاد، مؤسس جمعیت امام علی، اوایل تیرماه توسط سازمان اطلاعات سپاه بازداشت و ششم آبان با سپردن وثیقه دو میلیارد تومانی آزاد شد.
اتهام وی پس از بازداشت از سوی نیروهای اطلاعات سپاه، توهین به رهبر و بنیانگذار جمهوری اسلامی و اقدام علیه امنیت ملی اعلام شد.
حکم انحلال جمعیت امام علی که ۲۰ سال سابقه فعالیت دارد، در حالی با درخواست و شکایت وزارت کشور صادر شده که این نهاد مدنی در سال‌های اخیر در محلات حاشیه‌ای ۲۰ استان ایران خدمات حمایتی به شش هزار کودک و زن در زمینه آموزش، سلامت، اشتغال و معیشت ارائه کرده بود.