علی خاتمی، برادر محمد خاتمی، رئيس جمهور پیشین ایران با اشاره به برخی خبرهای منتشره درباره نامه خاتمی به رهبر جمهوری اسلامی گفت «آن چه به این مقدار راجع به محتوای نامه بیان می‌شود، ناشی از حدسیات و گمانه‌زنی است».
او توضیح بیشتری درباره محتوای این نامه نداده است.
وب‌سایت رویداد ۲۴ گزارش داده بود که محمد خاتمی نامه مفصلی به رهبر جمهوری اسلامی نوشته و از او خواسته که «مشکلات موجود در کشور را حل کند».
بر اساس این گزارش، او در نامه تاکید کرده که «هیچگاه علیه انقلاب و رهبری و حاکمیت» نیست و «اصلاح‌طلبان نیروهای وفادار به رهبر و نظام» هستند که «توان خود را برای حفظ نظام گذاشته‌اند».
در این نامه به مواردی چون «مذاکرات با آمریکا و انتخابات ۱۴۰۰ و حصر» رهبران جنبش سبز نیز اشاره شده و گفته شده که اگر برخی از این مسائل «به صورت حل نشده به آینده موکول شود، مشکلات سختی برای جمهوری اسلامی به جا خواهد گذاشت».
محمدجواد حق‌شناس، عضو شورای شهر تهران نیز ارسال این نامه را تایید کرده و به خبرگزاری ایلنا گفته است این نامه ۳۷ صفحه بوده و «تقریباً برای دو ماه گذشته است».
به گفته آقای حق‌شناس، خاتمی در این نامه «در خصوص دغدغه‌ها و آینده انقلاب و کشور» مطالب و راه‌حل‌هایی نوشته است.
محمد خاتمی پس از رویدادهای مربوط به انتخابات سال ۸۸، اجازه دیدار با رهبر جمهوری اسلامی را ندارد.
او در طول این مدت نامه‌هایی به علی خامنه‌ای نوشته یا درخواست ملاقات کرده است که بر اساس اخبار منتشره، بی‌پاسخ مانده‌اند.