دو روز پس از روز دانشجو، گزارش‌ها در شبکه‌های اجتماعی حاکی از «تهدید» و «تمسخر» دانشجویان منتقد توسط ابراهیم رئیسی، رئیس جمهور، در مراسم ویژه این روز در دانشگاه صنعتی شریف است.
روزنامه ایران، وابسته به دولت جمهوری اسلامی، با انتشار گزارشی در صفحه اول خود تلاش کرد بگوید که رئیس جمهوری در روز ۱۶ آذر به دانشجویان «گزارش کار» ارائه کرد، اما اظهارات شاهدان عینی در شبکه‌های اجتماعی حاکی از جو ملتهب و ادبیات تند از سوی طرفین است.
یک دانشجو که تصویر وی در حال صحبت با ابراهیم رئیسی بر روی صفحه اول شماره ۱۷ آذر روزنامه ایران منتشر شده در این باره نوشت: «ایشون بعد از تايید انگ امنیتی به بچه‌ها تو سالن»، «گفتن طلب استغفار کنید به خاطر حرف‌هایی که زدید.»
این دانشجو اضافه کرده که آقای رئیسی در خارج از سالن نیز «جز توهین و تمسخر هیچ پاسخ دیگه‌ای ندادن.»
با آن که در خبرگزاری‌های رسمی جمهوری اسلامی هیچ خبری از جو ملتهب و انتقادات صریح علیه دولت ابراهیم رئیسی منتشر نشده بود، شامگاه ۱۶ آذر در شبکه‌های غیررسمی اخباری مبنی بر انتقادات تند دبیر انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه صنعتی شریف منتشر شد که ریاست رئیسی بر دولت را «حاصل غیررقابتی‌ترین انتخابات طول تاریخ جمهوری اسلامی» توصیف کرد و او را «نماینده حاکمیت» دانست و نه مردم.
محمدحسین بیات در بخش دیگری از سخنان خود ابراهیم رئیسی را متهم کرد که هر بخشی از دولت را «به نماینده یکی از باندهای فاسد و یا ناکارآمد قدرت و ثروت بذل و بخشش کرده» و در نهایت «امنیتی‌ترین کابینه جمهوری اسلامی را با انتصاب سرداران سپاه در تک‌تک مناصب دولتی تشکیل داده» است.
پرونده‌سازی قوه قضائیه برای دانشجویان، اساتید دانشگاه و پژوهشگران در زمان ریاست ابراهیم رئیسی بر این نهاد، سرکوب شدید اعتراضات آبان ۱۳۹۸، «فساد سیستماتیک، نظامی‌گری افسار گسیخته، فقر شدید اقتصادی، شکاف سرسام‌آور طبقاتی، از هم گسیختگی اجتماعی، تحریم‌های بین‌المللی، مسائل و کلان‌مشکلات زیست محیطی» در ایران از دیگر انتقادات نماینده این تشکل دانشجویی به رئیسی بود.
انتشار این سخنان موجب واکنش شماری از هواداران دولت شد و آنها از بسیج دانشجویی خواستند پاسخ‌های «منطقی و مناسب» به آنچه «اتهامات» علیه دولت رئیسی نامیدند، بدهد.
این در حالی است که بسیج دانشجویی دانشگاه صنعتی شریف در کانال تلگرامی خود نوشته است که «با اقدام لحظه آخری تیم نهاد ریاست جمهوری و مخالفت با فعالیت افراد رسانه‌ای حاضر در جمع»، آنها نتوانستند این مراسم را به صورت زنده پوشش دهند.
در اطلاعیه این گروه دانشجویی همچنین آمده که هماهنگی و تخصیص تریبون‌های سخنرانی گروه‌ها و نمایندگان تشکل‌ها «طبق طراحی نهاد ریاست جمهوری صورت گرفته» بود.
بسیج دانشجویی دانشگاه صنعتی شریف در عین حال وعده داده که به زودی «روایتی از ناگفته‌ها و ابهامات موجود» در ویژه‌برنامه روز دانشجو با حضور رئیسی را منتشر خواهد کرد.
حضور محمدباقر قالیباف در جلسه دیگری که به منظور روز دانشجو برگزار شده بود نیز با طرح انتقادهای بسیاری علیه وی در مجموعه شهرداری تهران و مجلس شورای اسلامی مواجه شد.